果实品质是决定果品市场竞争力的主要因素，肥料的应用就是其中一个重要环节。柑橘专用肥料集成了化肥和有机肥的优点，满足了柑橘树的生长需求，提升了柑橘果实的品质。在传统种植当中，山地柑橘土壤肥力低，化学肥料的施用能迅速有效地提高土壤肥力，提高柑橘的产量和效益，长期以来受到农业企业和种植户的欢迎，但化肥生产设备所生产的化学肥料的使用容易给环境造成污染，土壤板结，降低了柑橘生产的品质。
目前生产上肥害现象时有发生,轻者出现叶片黄化、落叶,重者枝梢枯死,甚至全树死亡。其原因主要有化肥施用不当、有机肥未经腐熟后施用、微量元素肥料使用浓度过高或混用不当等。现将这些原因及其预防措施综述如下。
柑橘果树施肥要注意总量的大小，施肥时不要过于集中，使肥料均匀分布，根据不同树龄、产量来调整大致的施肥量，实施科学的施肥技术和方法，再看天气和土壤干燥情况确定适当的施肥方法，比如在下雨前后施或灌溉后施肥，以避免作物根系烧伤，植株枯死。
有机肥料都是由原料彻底腐熟后加工而成的，如新鲜猪粪、牛粪等。有机肥原料在发酵的时候会产生热量，从而将其内部的有害生物杀死。如果未腐熟彻底的肥料直接施用于土壤，会在腐熟的过程中产生大量的热量伤害根系，导致植株死亡。
对于经济作物而言，硫酸钾型的有机肥料较氯化钾型有机肥料用途广泛的多。测土配方肥就是根据作物和土质量身定做，根据需求决定使用什么肥料。由于有些农作物忌氯，而且大气、雨水提供的氯远远超过作物的需要量，结果就是导致氯害时有发生，使作物产生中毒现象，因此应慎用含氯化肥。
有机肥不仅能增加土壤肥力，改良土壤结构，增强土壤保肥保水性能，而且能提供大量的微量元素，对防治柑橘缺素症，提高柑橘品质有着重要的作用。因此，在施肥上不仅要根据柑橘生物学特性和土壤肥力水平，确定氮、磷、钾合理配比，而且还要增加有机肥的施用量，避免单一施用化肥。比如在冬季的施肥，基肥就应该以有机肥为主，少用速效性化肥。
同样在容易出现水患的地区，在淹水期前期，不施肥比施肥好，越接近淹水期施肥，柑橘园受害越重。相对于化肥，施用有机肥受害较轻，因为柑橘树根系组织幼嫩，呼吸作用强，被水淹后无氧呼吸也强。但化肥肥料在水中溶解，产生大量还原性的有毒物质，毒害根系，加大了植株的死亡几率。
