农业微生物菌剂重点用于生物农药和生物肥料，是发展生态农业和生产绿色食品的主要生产资料。施用微生物菌剂尽管不及施用化学药、肥的效果直观、方法简便，但是微生物菌剂多为循环利用再生资源，生产成本低，改善和保护土壤生态环境，有利于农业持续发展，因而微生物菌剂日益受到社会各界有识之士的高度重视和认可，由其制成的微生物有机肥料也成为化肥的良好替代品。
近年来，随着畜禽养殖集约化与规模化的快速发展，养殖场对周围环境的污染也越来越严重。由于目前我国规模化畜禽场通过坑沤、堆制等传统方法处理畜禽粪便积造农家肥已很难适应牧业发展需要，粪肥的处理已经成为牧业发展亟待解决的问题。通过新型有机肥生产线采用新工艺生产微生物菌剂肥处理畜禽粪便已经成为新的研究方向，即通过微生物的作用，控制病原微生物的繁殖，使土壤微生物环境向有利于农作物高产、优质方向转化，提高土壤抗逆性。用生物菌处理畜禽粪便过程中，可以把粪便中有毒、有害物质去除，这样既能提高粪便肥料利用率，又能减轻粪便对环境的污染。
利用生物发酵菌剂处理畜禽的粪便，一般采取好氧方式进行，通过控制水分含量和曝气次数、翻堆的方式来控制其发酵过程，使有机物在初期大量分解并发出高热以杀死病害菌、昆虫卵及杂草种子，然后再以适宜温度缓慢分解为半熟肥，同时利用其能量来培养大量有益微生物群，抑制有害菌的繁殖，使有机物成分通过有益微生物的吸收、利用转化成为植物可以吸收的有效成分。
配合施用生物发酵菌剂的好氧式堆肥发酵周期短、无害化程度高、卫生条件好、易于机械化操作；无二次污染，抑制有害菌的生成，堆肥过程无臭味，无蚊蝇产生；施入土壤后，不会产生土壤板结、地力下降等使用化肥带来的后遗症；可起到改良土壤、增加团粒结构、提高土壤肥力等方面的作用，是改良盐碱退化草场必不可少的原料，是促进土壤持续合理利用的最佳肥源。
例如玉米专用肥是在常规施用肥料的基础上添加微生物菌剂，这样就能有效促进玉米生长发育，表现为茎杆健壮高大、根系发达、果穗粗壮，具有较好的增产作用，对肥料来说也提高了肥料利用率。
有试验表明，不同菌剂用量对玉米的增产效果及肥料利用率的影响不同，而这其中施用有机无机复合肥并配施4%微生物菌剂处理的综合效果最佳，充分体现了生物肥料的增产、增收、节能以及降低农业环境污染特点，对今后筛选和推广使用生物肥料以及优化农作物施肥配方具有很好的指导意义。
